یکی از دغدغه‌های اندیشمندان و عالمان اسلامی‌در روزگار پس از غیبت ولی عصر (عج) این بوده است که سرنوشت امت در این دوران چگونه خواهد بود و به دست چه کسی و کسانی نظام سیاسی قرار می‌گیرد؟
به این معنا که در دوران غیبت با توجه به لزوم حکومت و دولت برای اهداف عامی‌چون اداره جامعه و اعمال حدود و تعزیرات و امنیت و مانند آن و نیز با عطف عنایت به نفی حاکمیت غیر معصوم (ع) چه باید کرد؟ پذیرش حکومت غیر معصوم (ع) به عنوان نفی حاکمیت طاغوت رد شده است. این وازنش طاغوت و لزوم وجود دولت موجب شده است تا عالمان اسلامی‌به منابع رجوع نمایند و دریابند که کتاب الله و عترت رسول(ص) در سنت معتبر چه دستوری داده اند؟ این پرسش شاید برای ما کمی‌بزرگ و حساس جلوه نماید ولی به نظر می‌رسد برای عالمان شیعی در عصر غیبت صغرا و در دوره وجود نواب خاص حل شده باشد. در آن زمان امت در هر امری به نواب خاص رجوع می‌کردند و آنان را واسطه و امین امام (ع) می‌شمردند. حکمش را حکم ولی الله دانسته و وازنش آن احکام را در حکم وازنش و سرپیچی از حکم معصوم و در نتیجه حکم الهی می‌شمردند.
در عصر آغازین غیبت کبرا نیز برای بسیاری از عالمان اسلامی‌چون شیخ طوسی و سید مرتضی علم الهدی این مساله روشن بود چون به حکم فرمان‌های بسیار از سوی امامان(ع) به ویژه ولی عصر(عج) بر همگان بود که عالمان شیعی با ویژگی‌های خاصی رجوع کنند. بنابراین دانسته شده بود که حکومت در دوره غیبت کبرا به معنایی به مردم واگذار شده بود ولی این مشروط بر این بود که حاکمی‌را که بر می‌گزینند می‌بایست از عالمان با شرایط ویژه باشد وگرنه حاکمیت باطل و رجوع به آن در حکم رجوع به طاغوت شمرده می‌شد.(سه تن از مراجع بزرگ قرن 14 هجری یعنی آخوند ملا کاظم خراسانی ، میرزا حسین تهرانی و ملا عبدالله مازندرانی در نامه ای به محمد علی شاه وقت قاجار می‌نویسند: داعیان به حسب وظیفه شرعی خود… در تحقق آن چه ضروری مذهب است که حکومت مسلمین در عهد غیبت حضرت صاحب الزمان با جمهور بوده حتی الامکان فرو گذار نخواهیم کرد. به نقل از تاریخ بیداری ایرانیان نوشته ناظم الاسلام کرمانی جزء 4 ص و 230 و نیز بر همین نظر هستند علامه طباطبایی المیزان ج 4 ص 132 و شهید مطهری و محمدباقر صدر و محمد جواد مغنیه و محمدتقی جعفری و آیت الله سبحانی و آیت الله طالقانی و آیت الله خامنه ای و آیت الله شمس الدین و آیت الله امینی و آیت الله کاشانی و آیت الله محمدی گیلانی نگاه کنید به کتاب سیاست و حکومت در قرآن نوشته قاضی زاده ص 222)
برخورد نخست امت شیعه و عالمان آنان این گونه بود. از این رو از پذیرش همه حکومت‌های موجود وا می‌زدند و به جای آنان در امور قضایی و مسایل حکومتی در حد امکان به عالمان شیعی رجوع می‌کردند. خمس و زکات و مالیات اسلامی‌را ایشان و نه به دولتمردان رسمی‌می‌دادند. این بود تا این که شیعه توان به دست گرفتن حکومتی را یافت از آن پس هر چند حکومت در دست سرداران نظامی‌بود ولی مشروعیت آن به تایید عالمی‌شیعی چون شهید اول و یا محقق کرکی و مانند آن بود. در حقیقت حکومت از آن عالمی‌شیعی بود که بخشی از وظایفی اجرایی حکومت را به سرداری می‌سپرد. اگر در عمل در مقاطع ای از تاریخ چنین نشد ولی این اندیشه سیاسی حاکم در میان شیعیان بود.
به هر حال در نظر شیعی در دوران غیبت کبرا حکومت به مردم شیعی واگذار شده است تا از میان عالمان با ویژگی‌های خاص یکی را به عنوان والی بر گزینند. در این جاست که جایگاه بیعت معلوم می‌شود. از آن جایی که امکان تعدد عالمان شیعی با ویژگی‌های بیان شده می‌رود، عالم شیعی می‌تواند جایگاه فعلی حاکمیت و حکومت را در دست گیرد که مردم با وی بیعت کرده باشند.
از نظر شیعی بیعت برای تثبیت و فعلیت بخشی به حاکمیت مشروع آن عالمی‌شیعی است که مردم انتخاب می‌کنند. در این انتخاب مردم بدون هیچ تفاوتی طبقاتی این حق را دارند تا یکی را برگزیند.
پرسش این جاست که نقش خبرگان چیست؟ آیا خبرگان رهبری به عنوان بیعت کنندگانی هستند که با انتخاب و بیعت خود مشروعیت عالم شیعی را تثبیت می‌کنند و مردم پس از آن به تایید می‌پردازند. یا این که آنان شخص را معرفی و مردم آن را انتخاب می‌کنند؟
در دیدگاه سنتی در میان اهل سنت این رای و نظر غلبه داشت که اهل حل و عقد و نخبگان جامعه شخص را معین می‌کنند و به حکومت وی مشروعیت می‌بخشند و مردم با بیعت خود آن انتخاب را تایید می‌کنند. بنابراین دو بیعت خاص و عام وجود دارد. بیعت خاص مشروعیت زا و بیعت عام در حکم تایید است. البته در اندیشه‌های جدید در میان اهل سنت نقش بیعت خاص به حکم توصیه فروکاسته شده است و مردم می‌توانند فردی توصیه شده را انتخاب نکنند.(نظام الحکم فی عهد الخلفاء الراشدین محمد یوسف موسی و نظام الحکم فی الاسلام، محمد الصمد ،ص 68)
به نظر می‌رسد که در دیدگاه شیعیان نقش خبرگان نیز این گونه باشد. به این معنا که مردم به جهت شناختی که خبرگان نسبت به عالمان شیعی و ویژگی‌های هر یک دارند توصیه می‌کنند که با عالم شیعی بیعت شود. مانند معرفی مجتهدی از سوی خبرگان به عنوان مرجع تقلید.
البته در قانون اساسی جمهوری اسلامی‌نقش خبرگان کمی‌تفاوت یافته است. مردم با انتخاب خود بخشی از خبرگان را به نیابت و وکالت بر می‌گزینند و این خبرگان هستند که به نیابت و وکالت فردی را به ولایت و حکومت انتخاب می‌کنند. با انتخاب این فرد بیعت عملا تحقق می‌یابد و دیگر نیازی به رای دادن و بیعت مجدد نیست. بنابراین مردم نخست خبرگان مورد اعتماد خود را انتخاب می‌کنند آنان به وکالت و نیابت از سوی مردم با فرد مورد نظر بیعت می‌کنند. بنابراین در هر حال مشروعیت حکومت ولی فقیه به دست مردم و جمهور شیعی است و نقش خبرگان تنها به معنایی توصیه است. خبرگان نقش واسطه را بازی می‌کنند.
